Описание
Спустя некоторое время после битвы на вершине Сакс-Тауэр, четверо братьев-черепашек: Леонардо (Лео), Донателло (Донни), Микеланджело (Майки) и Рафаэль (Раф) продолжают жить беззаботной жизнью подростков-ниндзя. Чтобы не раскрывать себя они согласились с тем, чтобы лавры человека, остановившего Эрика Сакса и Клан Фут со Шреддером во главе, присвоил себе Вернон Фенвик, получивший «Ключ от Города», и теперь бывший оператор 6-ого Канала стал популярной медиа-звездой по кличке «Сокол». Каждого из черепашек-ниндзя тяготеет от того, что не могут заявить о себе миру, а Майки даже вышел на поверхность во время парада на Хеллоуин, где его внешность воспринимали как костюм, но его быстро возвращают обратно в канализацию. Лео пытается держать каждого из братьев в узде, чувствуя ответственность лидера перед командой.
Тем временем, Эйприл О’Нил, продолжающая работать журналисткой, следит за известным учёным Бакстером Стокманом, ранее работающим на Сакса, и связанный с Кланом Фут. При помощи часов-компьютера, подаренных Донни, она успевает скачать данные из компьютера учёного, и перед тем как защитная программа успевает их стереть, она читает сообщение о готовящемся побеге Шреддера во время переправки злодея из городской тюрьмы, о чём она сообщает черепашкам. Получив благословение от мастера Сплинтера, братья садятся в обновлённую версию Черепашьего Фургона, огромный мусоровоз полный разнообразных примочек. Шреддер, которого мутаген омолодил и лишил множества шрамов, переправляется в тюрьму в компании двух головорезов, Рокстеди и Бибопа. Боевики Клана Фут уничтожают машины сопровождения и готовятся вскрыть крышу бронемашины, но им мешают подоспевшие черепашки. В последний момент Шреддер сбегает через телепорт, созданный Стокманом при помощи некоего устройства, найденный Кланом Фут много лет назад. Шреддер оказывается на борту Технодрома, межпространственной крепости мозгообразного пришельца по имени Коммандер Крэнг, который использует большое и мощное тело-андроид, управляя им из кабины, которая размещалась у андроида в животе. Он говорит, что телепорт Стокмана - часть мегадевайса, который попал на Землю много лет назад для последующей переправки Технодрома, но он раскололся на три части. Крэнг поручает Шреддеру найти оставшиеся две части: в Музее естественной истории Нью-Йорка и в джунглях Бразилии. В помощь пришелец дает контейнер с некой фиолетовой субстанцией-мутагеном, которая поможет создать Шреддеру сверхчеловеческих помощников.
На Шреддера объявлена охота, и к делу подключается Отдел по борьбе с организованной преступностью, возглавляемый комиссаром Ребеккой Винсент. Винсент выслушивает доклад одного из надзирателей, Кейси Джонса, но не верит в рассказы про мусоровоз, выбрасывающий в боевиков мусорные крышки из-под решетки радиатора, от чего Джонс оказывается отстранен от любой причастности к делу. Кейси, мечтающий с детства быть детективом, решается самолично найти Рокстеди и Бибопа, и парочка оказывается достаточно глупа, чтобы сунуться в любимый бар, где бармен успел сделать им фальшивые сотовые телефоны. Головорезы хотят занять нишу, опустевшую после Клана Фут, но тут к ним приходит Шреддер, который отказался брать их в партнёры, но принял их в «посыльные». Явившийся после их ухода Кейси, устроив небольшой погром в баре, получает от бармена GPS-устройство, по которым выходит на научную лабораторию Бактера Стокмана.
Шреддер, прибыв к учёному, просит его синтезировать сыворотку Крэнга в аналог мутагена О'Нила-Сакса, что Стокман и делает. Шреддер решается испытать её на Рокстеди и Бибопе, как на идеальных «лабораторных крысах». Головорезы быстро начинают мутировать и оказывается, что сыворотка «пробуждает» животное ДНК человека, из-за чего Рокстеди превращается в антропоморфного носорога, а Бибоп в кабана-бородавочника. Всё это происходит на глазах у Эйприл, проникшей в здание за данными с компьютера Стокмана. Она пользуется замешательством новообращенных мутантов и забирает из лаборатории контейнер с инопла
